2.1一般杂质的检测
气相色谱法(GC)适用于易挥发且热稳定性的物质，一般用于残留溶剂的检测。无机杂质可能来源于原料药、辅料或制剂的生产过程和环境污染物中。2015年版《中国药典》加强了包括催化剂在内的无机杂质检测方法的研究与修订，提高了方法的准确性。
近年来，色谱法在各国药典中得到了广泛应用!其中有关物质分析方法的主流还属高效液相色谱技术。HPLC 测定有关物质的定量方法主要有杂质对照品法(外标法)、加校正因子和不加校正因子的主成分自身对照法，以及面积归一化法。
其他新型色谱分析方法如超高效液相色谱UPLC也具有其独特的优势。UPLC在《美国药典》中已得到应用。2015年版《中国药典》中虽未将其作为新液相色谱方法收载，但也积极推动了UPLC在药品质量标准制定中的应用。
液相色谱-质谱联用(LC-MS)技术因其卓越的灵敏度、高选择性和快速的特点，避免了样品复杂的前处理过程，已成为药物中微量杂质分析和结构鉴定的首选。
气相色谱-质谱联用(GC-MS)技术结合了气相色谱高效与质谱结构鉴定的优势，适用于定性、定量分析热稳定、易挥发的多组分混合物中有机挥发性杂质。
核磁共振(NMR)技术能够对未知化合物提供有关键合和立体化学的特定信息，并对未经分离提取的复杂样品提供定性定量信息。与LC联用，更加强了NMR对有关物质的结构解析能力，应用于药品质量评估。高效液相色谱-固相微萃取-核磁共振联用仪(LC/SPE/NMR)是目前应用最先进 LC-NMR 技术的仪器。
2.2手性杂质的检测
手性杂质与药物互为手性异构体，两者药效和药动学行为的差异会导致不同的药理和毒理学作用，产生药物不良反应。因此手性杂质的检测也是质量控制的重要内容。对于手性杂质的检测广泛采用手性色谱法和高效毛细管电泳法等。手性高效液相色谱法分为直接法和间接法，前者包括手性固定相法和手性流动相添加剂法，后者为手性试剂衍生化法。
超临界流体色谱(SFC)技术作为气相色谱和液相色谱的有力补充，兼有二者优点，其在手性药物杂质分析和天然高分子化合物制备中有着重要应用。
2.3遗传毒性杂质
遗传毒性杂质在极低水平便能与DNA相互作用，具有很高的致癌致突变风险。GC-MS是挥发性遗传毒性杂质检测不可或缺的工具。通常情况下，顶空气相色谱和GC-MS是分析卤化物磺酸盐和环氧化物的首选技术。
